Ústavní soud dne 14. 10. vyhlásil nález Pl. ÚS 39/08, jímž zčásti vyhověl návrhu skupiny senátorů na zrušení vybraných ustanovení zákona č. 314/2008 Sb. a na zrušení vybraných ustanovení zákona č. 6/2002 Sb., o soudech, soudcích, přísedících a státní správě soudů (zákon o soudech a soudcích) a zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní. Zčásti návrh senátorů zamítl.

Senátoři koncipovali svůj návrh jako alternativní, neboť primárně tvrdili vady legislativního procesu spočívající v tom, že napadené části zákona č. 314/2008 Sb. byly do vládního návrhu zákona vloženy jako tzv. komplexní pozměňovací návrh v průběhu projednávání návrhu v Poslanecké sněmovně. Navrhovatel byl toho názoru, že tzv. komplexní pozměňovací návrhy představují institut příbuzný tzv. „přílepkům“, jejichž neústavnost Ústavní soud vyslovil již v jednom svém dřívějším nálezu. Pokud by Ústavní soud shledal postup přijetí zákona č. 314/2008 Sb. ústavně konformním, byla navrhovatelem napadena jednotlivá ustanovení zákona o soudech a soudcích a soudního řádu správního, která byla zákonem č. 314/2008 Sb. do těchto zákonů vložena nebo novelizována. Šlo zejména o zavedení funkčního období předsedů a místopředsedů obecných soudů a možnost jejich opakovaného jmenování, umožnění prezidentu republiky jmenovat ne jednoho, ale více místopředsedů Nejvyššího soudu, možnost soudců obecných soudů působit na stážích u Ministerstva spravedlnosti a pravomoc ministra spravedlnosti dočasně zprostit kárně stíhaného funkcionáře jeho funkce. Senátoři též zpochybnili ústavnost přechodného ustanovení, jímž bylo funkční období stávající předsedkyně Nejvyššího soudu dr. Brožové stanoveno na 5 let od účinnosti zákona č. 314/2008 Sb., zatímco v případě předsedy Nejvyššího správního soudu dr. Baxy bylo jeho funkční období stanoveno na 10 let.

Pokud jde o právní úpravu dočasného přidělování soudců k Ministerstvu spravedlnosti dle § 68 zákona o soudech a soudcích, odkázal Ústavní soud na své závěry plynoucí z nálezu sp. zn. Pl. ÚS 7/02, kterým již jednou obdobnou úpravu zrušil na základě kolize s principem dělby moci. Konkrétně Ústavní soud poukázal na narušení principu kontinuálního výkonu soudcovské funkce a riziko spojené se vznikem střetu zájmů a ohrožení nezávislosti a nestrannosti soudce po návratu do své soudcovské funkce. Nyní napadená právní úprava prodloužila možnost přidělení dokonce až na tři roky, čímž dle Ústavního soudu učinila sepětí s výkonnou mocí ještě závažnější. V této části bylo proto návrhu vyhověno i proto, že zákonodárce nerespektoval čl. 89 odst. 2 Ústavy, podle něhož jsou vykonatelné nálezy Ústavního soudu závazné pro všechny orgány a osoby, včetně Parlamentu.

Pokud jde o právní úpravu obsaženou v § 100a zákona o soudech a soudcích, která umožňuje ministru spravedlnosti dočasně zprostit výkonu funkce předsedu a místopředsedu v případě zahájeného kárného řízení, Ústavní soud uvedl, že taková úprava se může dostat do kolize s principem dělby moci a nezávislostí soudní moci pouze v případě, kdy je možnost zproštění současně spojena s působením ministra jako kárného žalobce. V takovém případě je to pouze ministr, který vytváří kárnou žalobou podmínky pro to, aby současně zprostil soudního funkcionáře funkce. V právní úpravě absentuje jakýkoliv opravný prostředek, jímž by se funkcionář mohl proti tomuto opatření bránit, a taková právní úprava je protiústavní pro velké riziko zneužití, bez možnosti soudního přezkumu.

Naopak legislativní praxi komplexních pozměňovacích návrhů neshledal Ústavní soud v rozporu s ústavními pravidly parlamentního práva. Shrnutí dalších částí rozsudku je přístupné na internetových stránkách Ústavního soudu.